先進的邊合成邊測序(SBS)技術(shù):與其他 Illumina 測序產(chǎn)品類似,MiSeq Reagent Nano Kit v2 運用了成熟的邊合成邊測序技術(shù) 。在測序過程中,DNA 聚合酶將帶有熒光標(biāo)記的 dNTP 逐個添加到正在延伸的 DNA 鏈上。每添加一個堿基,系統(tǒng)會根據(jù)熒光信號識別出該堿基的種類,從而確定 DNA 序列。這種技術(shù)的優(yōu)勢在于,它能夠在每個循環(huán)中準(zhǔn)確讀取堿基信息,保證了測序的準(zhǔn)確性和可靠性。例如,在對人類線粒體基因組進行測序時,SBS 技術(shù)可以精確檢測到線粒體基因中的突變位點,為線粒體疾病的研究提供關(guān)鍵數(shù)據(jù)。
優(yōu)化的簇生成技術(shù):試劑盒通過優(yōu)化的簇生成技術(shù),在 MiSeq 系統(tǒng)的流動槽表面生成高密度且均一的 DNA 簇 。這些 DNA 簇是測序的模板,它們的質(zhì)量直接影響測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。通過特殊的化學(xué)處理和反應(yīng)條件控制,試劑盒能夠使 DNA 片段在流動槽上均勻分布并擴增形成簇,確保每個簇在測序過程中產(chǎn)生清晰、穩(wěn)定的信號,從而提高測序數(shù)據(jù)的一致性和可重復(fù)性。在對植物葉綠體基因組進行測序時,均一的 DNA 簇有助于準(zhǔn)確識別葉綠體基因中的重復(fù)序列和變異,為植物遺傳育種研究提供準(zhǔn)確的基因組信息。
雙端索引與樣本追蹤:該試劑盒支持雙端索引(Dual Indexing)技術(shù),為每個樣本添加一對的索引序列(Index 1 和 Index 2) 。這一技術(shù)極大地提高了樣本區(qū)分的準(zhǔn)確性和多樣性。在混合樣本測序中,通過識別這兩個索引,能夠精準(zhǔn)地將測序數(shù)據(jù)對應(yīng)到各自的原始樣本,有效避免樣本混淆,提高實驗效率。例如,在宏基因組學(xué)研究中,需要同時對多個環(huán)境樣本進行測序分析,雙端索引技術(shù)可確保準(zhǔn)確區(qū)分不同樣本的微生物群落信息,助力科研人員深入了解微生物多樣性和生態(tài)功能。
高數(shù)據(jù)質(zhì)量:MiSeq Reagent Nano Kit v2 生成的數(shù)據(jù)具有出色的質(zhì)量 。在堿基識別準(zhǔn)確性方面,其質(zhì)量分數(shù)(如 Q30 分數(shù))表現(xiàn)優(yōu)異,意味著在測序數(shù)據(jù)中,堿基識別準(zhǔn)確率達到 99.9% 以上的比例較高。高準(zhǔn)確性的數(shù)據(jù)對于準(zhǔn)確識別基因變異、進行基因功能注釋等研究至關(guān)重要。在腫瘤基因檢測中,精確的測序數(shù)據(jù)能夠準(zhǔn)確檢測到腫瘤相關(guān)基因的突變,為腫瘤的精準(zhǔn)診斷和個性化治療提供可靠依據(jù)。
靈活的通量選擇:300 循環(huán)規(guī)格的試劑盒數(shù)據(jù)輸出量可達 0.3 Gb,500 循環(huán)規(guī)格則可達 0.5 Gb 。這種靈活的通量選擇,使科研人員能夠根據(jù)實驗需求合理配置資源。對于小型實驗室開展的探索性研究,300 循環(huán)試劑盒可在滿足研究需求的同時,降低實驗成本;而對于需要更深入分析基因結(jié)構(gòu)和功能的項目,500 循環(huán)試劑盒能夠提供更豐富的數(shù)據(jù)。例如,在對新發(fā)現(xiàn)的病毒基因組進行初步測序時,300 循環(huán)試劑盒可快速獲取病毒的基本基因信息;若要進一步研究病毒的變異情況和進化關(guān)系,則可選擇 500 循環(huán)試劑盒進行更深入的測序分析。
經(jīng)濟高效:相比于高通量測序試劑盒,MiSeq Reagent Nano Kit v2 在低通量應(yīng)用中具有顯著的成本優(yōu)勢 。它適用于少量樣本或?qū)y序深度要求不高的項目,避免了因使用高通量試劑盒造成的資源浪費。同時,試劑盒的即用型設(shè)計減少了實驗準(zhǔn)備時間和人力成本,提高了實驗效率。在教學(xué)實驗室中,學(xué)生進行基礎(chǔ)的基因測序?qū)嶒灂r,該試劑盒的經(jīng)濟高效性使其成為理想選擇,既能滿足教學(xué)需求,又能控制實驗成本。
微生物基因組測序:在微生物學(xué)研究中,該試劑盒可用于對各種微生物(如細菌、真菌、病毒等)的基因組進行測序 。通過分析微生物基因組,科研人員能夠了解微生物的遺傳特性、進化關(guān)系以及與宿主的相互作用機制。例如,在研究腸道微生物群落時,使用 MiSeq Reagent Nano Kit v2 對腸道微生物進行測序,可幫助科研人員解析腸道微生物的組成和功能,探索其與人體健康和疾病的關(guān)系,為開發(fā)基于微生物的治療方法提供理論基礎(chǔ)。
靶向基因測序:對于關(guān)注特定基因或基因區(qū)域的研究,該試劑盒可用于靶向基因測序 ??蒲腥藛T可以通過設(shè)計特異性引物,富集目標(biāo)基因片段,然后使用試劑盒進行測序。這種方法能夠提高目標(biāo)基因的測序深度,更靈敏地檢測到基因中的變異。在癌癥研究中,針對與腫瘤發(fā)生發(fā)展相關(guān)的關(guān)鍵基因進行靶向測序,可幫助醫(yī)生準(zhǔn)確判斷患者的基因突變情況,為制定個性化的治療方案提供依據(jù)。
小型基因研究項目:在小型基因研究項目中,如研究特定基因的表達調(diào)控機制、基因多態(tài)性與性狀的關(guān)聯(lián)等,MiSeq Reagent Nano Kit v2 憑借其靈活的通量和高數(shù)據(jù)質(zhì)量,成為科研人員的得力工具 。例如,在植物遺傳學(xué)研究中,研究人員可利用該試劑盒對控制植物某一性狀的基因進行測序分析,了解基因的結(jié)構(gòu)和變異,為植物品種改良提供遺傳信息。
樣本要求:試劑盒適用于多種類型的 DNA 樣本,如基因組 DNA、PCR 擴增產(chǎn)物等 。為確保實驗成功,樣本應(yīng)具備較高的質(zhì)量和完整性。建議使用高質(zhì)量的純化 DNA,起始量可根據(jù)實驗需求和樣本類型進行調(diào)整,一般在 ng 級別的低起始量即可滿足實驗要求。在樣本處理前,需對樣本進行嚴(yán)格的質(zhì)量檢測,包括濃度測定、純度評估以及完整性分析等,確保樣本符合實驗要求。
實驗操作流程:使用 MiSeq Reagent Nano Kit v2 進行測序?qū)嶒灥牟僮髁鞒滔鄬啽?。首先,根據(jù)實驗設(shè)計選擇合適的索引序列,將其與 DNA 樣本進行連接,構(gòu)建測序文庫。然后,將文庫與試劑盒中的其他試劑混合,加載到 MiSeq 測序系統(tǒng)的流動槽中。設(shè)置好測序參數(shù),啟動測序程序。在測序過程中,系統(tǒng)會自動完成 DNA 簇生成、堿基合成與檢測等步驟。實驗結(jié)束后,利用配套的數(shù)據(jù)分析軟件對測序數(shù)據(jù)進行處理和分析,獲取有價值的生物學(xué)信息。
存儲條件:為保證試劑盒的性能和穩(wěn)定性,MiSeq Reagent Nano Kit v2 應(yīng)存儲于 - 25°C 至 -15°C 的低溫環(huán)境中 。在使用過程中,應(yīng)盡量避免頻繁凍融,取用試劑后需及時放回低溫環(huán)境保存。同時,要注意試劑盒的有效期,在有效期內(nèi)使用以確保實驗結(jié)果的可靠性。